سیدعطاالله مهاجرانی، وزیر اسبق فرهنگ و ارشاد اسلامی، پس از مطالعه رساله دکتری سعید جلیلی با عنوان «بنیاد اندیشه سیاسی در اسلام»، اظهارنظری منتشر کرد که در فضای آکادمیک و رسانه‌ای کشور بازتاب گسترده‌ای داشته است.
مهاجرانی که به گفته خودش برای بررسی این رساله وقت قابل‌توجهی اختصاص داده، نوشت: «آنچه خواندم چیزی جز یک سوءتفاهم نبود که به‌عنوان رساله نوشته، راهنمایی و تصویب شده است.»
به گفته وی، این رساله سال ۱۳۸۰ در دانشگاه امام صادق(ع) به تصویب رسیده و احمد علم‌الهدی، امام جمعه مشهد، استاد راهنمای آن بوده است. مهاجرانی همچنین به اظهارنظر علم‌الهدی اشاره کرد که گفته بود جلیلی برای نگارش این رساله بارها قرآن کریم را ختم کرده است.
مهاجرانی در ادامه توضیح داد که محتوای رساله، همان دیدگاه‌هایی است که جلیلی در سال‌های گذشته در سخنرانی‌های مختلف تکرار کرده و نوآوری مستقل پژوهشی در آن مشاهده نمی‌شود.
این واکنش نشان می‌دهد که در نظام دانشگاهی ایران، نقد و بازخوانی آثار پژوهشی آزادانه و بدون محدودیت صورت می‌گیرد و اساتید و چهره‌های فکری کشور در سطوح مختلف آکادمیک درگیر مباحث اندیشه‌ی سیاسی و دینی‌اند. همان‌گونه که مهاجرانی با استناد به همین تجربه تأکید می‌کند، پویایی فضای آکادمیک ایران و آزادی بیان در دانشگاه‌های کشور، ظرفیتی است که در بسیاری از نظام‌های دانشگاهی جهان چنین گستردگی و عمقی ندارد.
